Le diverse sale che scandiscono il percorso di visita permettono di esplorare, con un’alternanza di soluzioni espositive differenti, il contesto dello scavo archeologico (sala A – “I reperti rinvenuti sotto il palazzo”), gli ambienti della vita quotidiana nella Roma antica (sale B – “La Domus” e C – “Il viridarium”), gli spazi pubblici (sale E – “Il Foro, gli edifici pubblici e gli spazi degli dei” ed F – “Il rilievo storico celebrativo”) e il mondo dell’oltretomba con i suoi riti e le sue credenze (sala G -“I riti di sepoltura nell’antica Roma”, la sala H – “L’identità nel mondo funerario”, la sala I – “Il passato come memoria del futuro”, la sala L – “I sarcofagi della collezione Merolli-Fata” e infine la sala M – “Le epigrafi funerarie”).
La presenza di una serie di “scenografie abitabili”, spazi espositivi dove i reperti archeologici e i documenti d’archivio diventano attori e interpreti di un racconto in grado di creare un contatto diretto con il mondo antico, offre inoltre la possibilità di apprezzare la stratificazione storica dell’isolato del palazzo, l’evoluzione urbanistica di Piazza Venezia, il culto delle divinità domestiche, la Colonna Traiana e il rapporto con il mondo dei defunti. Particolare rilievo è stato conferito ai reperti archeologici rinvenuti durante la costruzione del palazzo che oggi li accoglie. Essi hanno costituito una rara occasione per scoprire e raccontare l’evoluzione urbanistica di questa parte della città nel corso dei secoli.